Med kriget ändrades situationen väsentligt för judarna. Det är inte så känt, att världsjudendomen själv förklarade sig vara krigförande part under andra världskriget, och därför gavs tyskarna en rättslig grund att i enlighet med internationella lagar internera judarna som en fientlig makt. Den 5 sept. 1939 förklarade den högste sionistiske ledaren Chaim Weizmann krig mot Tyskland i hela världsjudendomens namn, då han fastslog, att:

"judarna stod på Storbritanniens sida och skulle kämpa för demokratierna...Den judiska agenturen var beredd att träffa omedelbara avtal om insats av judiska trupper, tekniska hjälpmedel, resurser etc..." (Jewish Chronicle, 8 sept. 1939).

Alla judar förklarades därmed som medhjälpare i kriget mot Tyska riket, och därför började Himmler och Heydrich med arresteringspolitiken. Det är härvid värt att notera, att USA och Kanada redan internerade alla fientliga japaner och medborgare av japansk härstamning, innan samma säkerhetsåtgärder tillämpades gentemot de europeiska judarna. Beträffande de japanska amerikanarna förelåg inga sådana bevis för eller deklarationer om förräderi, som Weizmann angav. Även britterna hade internerat alla kvinnor och barn i befolkningen under Boerkriget, och tusentals hade dött, men aldrig anklagades britterna för att ha utrotat boerna med avsikt.

Interneringen av judarna i de ockuperade länderna tjänade från tysk synpunkt två ändamål, varav det första för att hindra oroligheter och omstörtning. Himmler hade den 11 okt. 1942 underrättat Mussolini om att den tyska politiken gentemot judarna ändrats av militära säkerhetsskäl under kriget. Han beklagade sig över att tusentals judar förde partisankrig i de ockuperade områdena och förövade sabotage och spionage. Enligt en uppgift, som lämnades Raymond Arthur Davies, förde inte mindre än 35.000 europeiska judar partisankrig under Tito i Jugoslavien. Som följd därav transporterades judarna till spärr-områden och interneringsläger i Tyskland och efter mars 1942 i generalguvernementet Polen.

Som kriget fortskred, utvecklade sig politiken att utnyttja de internerade judarnas arbetskraft i rustningsindustrin. Problemet med arbetskraften är mycket viktigt, om man fäster avseende vid den påstådda planen att förinta judarna, ty redan enbart av logiska skäl skulle denna vara förbunden med det mest orimliga slöseri med arbetskraft, tid och energi, då man för ett tvåfrontskrig för att överleva. Säkerligen har tanken på tvångsarbete för judarna övervägt efter angreppet på Ryssland gentemot de tyska planerna på en judisk utvandring.

Protokollet från ett samtal mellan Hitler och ungerske regenten Horthy den 17 april 1943 avslöjar, att den tyske führern personligen bad Horthy att frige 100.000 ungerska judar för arbete på flygvapnets "jaktplansprogram" vid en tidpunkt, då Tyskland utsattes för ett allt intensivare luftbombardemang. (Reitlinger: Die Endlösung, Berlin, 1956, s.478). Detta hände, när tyskarna redan påstods vara i färd med att förinta judarna, men Hitlers begäran visar tydligt, att syftet att utöka arbetskraften gavs försteg.

I överensstämmelse med detta program blev koncentrationslägren faktiskt industriområden. Vid varje läger, där judar och medlemmar av andra nationaliteter var internerade, fanns stora industrianläggningar och fabriker för den tyska rustningsindustrin t.ex. Buna-gummifabriken i Bergen-Belsen, I.G. Farben-industrin i Auschwitz och elektrofirman Siemens i Ravensbrück. I många fall utgavs lägersedlar som betalningsmedel för presterat arbete. För dessa kunde internerna köpa extra ransoner i lägerbutikerna. Tyskarna var beslutna att av koncentrationslägersystemet erhålla maximal ekonomisk utdelning, ett mål, som fullständigt stred mot varje plan, som avsåg att utrota miljoner människor. Det var ekonomi- och förvaltningsbyrån inom SS under ledning av Oswald Pohl, som hade till uppgift att se till att koncentrationslägren blev de största industriproducenterna.

Det är ett anmärkningsvärt faktum, att nationalsocialisterna genomförde den judiska utvandrings-politiken långt in i krigstiden. Frankrikes fall 1940 gjorde det möjligt för riksregeringen att upptaga allvarliga förhandlingar med fransmännen i syfte att låta de europeiska judarna utvandra till Madagaskar. Ett memorandum av statssekr. Luther i UD från aug. 1942 avslöjar, att han fört förhandlingar från juli till dec. 1940, då de avslutades av fransmännen. En rundskrivelse från Luthers avdelning daterad den 15 aug. 1940 visar, att detaljerna i denna tyska plan utarbetats av Adolf Eichmann, ty den är undertecknad av hans ställföreträdare Dannecker. Eichmann hade faktiskt i aug. betrotts med uppgiften att utarbeta en detaljerad Madagaskarplan. Dannecker var sysselsatt med att genomföra undersökningarna om Madagaskar i det franska kolonialministeriet. (Reitlinger, The Final Solution, s.77). Förslagen av den 15 aug. 1940 gick ut på att en intereuropeisk bank skulle finansiera utvandringen av fyra miljoner judar nederst ett i faser uppdelat program.

Luthers memorandum av 1942 visar, att Heydrich fått Himmlers samtycke till denna plan före slutet av aug. 1942 och att han framlagt den för Göring. Den erhöll också Hitlers gillande redan den 17 juni 1942, ty hans tolk Schmidt påminner sig Hitlers anmärkning till Mussolini, att "man kunde grunda en stat Israel på Madagaskar." (Schmidt, Hitler's Interpreter, London, 1951, s.178)

Fastän fransmännen avslutat förhandlingarna angående Madagaskar i dec. 1940, medger chefen för den judiska dokumentcentralen i Paris, Poliakov, att tyskarna icke desto mindre fullföljde planen, och att Eichmann ännu 1941 var sysselsatt med den. Genom krigets fortsättning framför allt efter invasionen i Ryssland hade planen blivit outförbar, och den 10 febr. 1942 underrättades UD, att planen tills vidare måste skrinläggas.

Denna anvisning, som översändes till UD genom Rademacher, är av särskild betydelse, ty den visar slutgiltigt, att beteckningen "slutlig lösning" bara innebar judarnas emigration och även, att transporten av judarna till de östliga ghettonen och koncentrationslägren som Auschwitz inte var något annat än en alternativ utrymningsplan. Instruktionen lyder: "Kriget med Sovjetunionen har under mellantiden skapat möjlighet för ett förfogande över andra områden för den slutliga lösningen. Därför har führern beslutat, att judarna inte överflyttas till Madagaskar utan österut. Madagaskar behöver därför inte längre komma på tal i samband med den slutliga lösningen," (Reitlinger, ibid, s,79). Detaljerna i denna evakuering hade diskuterats en månad tidigare på Wannseekonferensen i Berlin.

Reitlinger och Poliakov uppställer båda det omotiverade antagandet, att eftersom Madagaskar-planen hade övergivits, tyskarna nu nödvändigtvis måste ha tänkt sig att "förinta". Endast en månad senare - den 7 mars - skrev Goebbels ett memorandum till förmån för Madagaskarplanen som "slutgiltig lösning" av den judiska frågan (Manvell & Frankl, Dr Goebbels, London, 1960, s.165). Under tiden samtyckte han emellertid till att judarna skulle "koncentreras till östern". Senare memoranda från Goebbels betonar också vikten av förflyttning österut, d.v.s. till generalguvernementet i Polen och framhäver särskilt nödvändigheten av arbetsplikt där. Sedan väl denna flyttningspolitik införts, blev användningen av den judiska arbetskraften en väsentlig del av det projektet. Det står nu fullständigt klart mot bakgrunden av det sagda, att beteckningen "slutlig lösning" tillämpades både på Madagaskar och de östliga områdena och att den enbart betydde deportering av judarna.

Till och med i maj 1944 var tyskarna beredda att medge utflyttning av en miljon judar från Europa. En rapport om detta förslag lämnas av Alexander Weissberg, en prominent sovjetjudisk vetenskapsman, som deporterades under den stalinistiska utrensningen. i hans bok: Die Geschichte von Joel Brand (Cologne, 1956). Weissberg, som tillbragte kriget i Krakau, fastän han antog, att tyskarna skulle spärra in honom i koncentrationsläger, förklarar, att Eichmann på Himmlers personliga initiativ sänt den judiske ledaren i Budapest, Joel Brand, till Istanbul för att erbjuda de allierade att låta en miljon europeiska judar resa ut mitt under kriget. (Om man ska tro "förintelseskribenterna", var det knappast en miljon judar kvar i maj 1944.) Gestapo medgav, att det därvid uppkomna transportproblemet skulle bli en svår belastning för de tyska krigsansträngningarna, men man skulle tillåta utflyttningen, om 70.000 lastbilar, som uteslutande skulle sättas in vid den ryska fronten, levererades i utbyte. Olyckligtvis misslyckades planen, ty britterna antog, att Brand var en farlig nazistagent och placerade honom omedelbart i ett fängelse i Kairo, medan pressen framställde anbudet som ett nazisttrick. Winston Churchill jämrade sig visserligen högt över de ungerska judarnas behandling, "den största och förskräckligaste förbrytelsen i världshistorien". Icke desto mindre uppgav han för Chaim Weizmann, att det var omöjligt att antaga erbjudandet, då det skulle betyda förräderi mot hans ryske allierade. Fastän planen strandade, visar den mycket tydligt, att ingen som genomför en påstådd totalförintelse, skulle tillåta utvandring av en miljon judar, och den visar också klart den betydelse, som tyskarna tillmätte krigsansträngningarna.